首先是内阁，由三人增至十人。
荀攸依旧为首辅，戏忠和张纮为次辅。增补田豫、田畴、张昭、荀彧、顾雍、诸葛瑾、步骘七人为大学士，辅助荀攸三人处理政务。
田豫七人初审，若有大事，则七人投票，不决，再由荀攸三人共审，而后再呈递公孙毅。
是的，想要完全丢掉政务在短时间内是不成的，尤其是帝国扩张迅速的情况下。不过需要公孙毅亲自处理的，也非大事不可。
刑部，以满宠为尚书，刘晔、董和为侍郎。
户部，以毛玠为尚书，钟繇、蒋琬为侍郎。
礼部，仍以孔融为尚书，陈琳为侍郎，增补黄权为侍郎。
工部，以马钧为尚书，着华歆、王朗相助马钧处理工部公务，好让马钧将更多的精力投入到器械的研究之中。
吏部，由新进大臣诸葛亮担任尚书，虞翻、阚泽、杜畿、陈群为侍郎。由于疆域的扩大，官员的数量大增，若不增加吏部的人数，公务将难以及时处理。
新增商部，以糜竺为尚书，司马懿、国渊为侍郎。
以上，为六部变化，兵部则被裁汰，也标志着大军的控制逐渐远离朝堂。
都察院，仍以田丰为都御史，副都御史则是李儒，以及好不容易请出山的贾诩，赵云、郭嘉等十余人则为监察御史。
新设军武部，也可视作新的兵部，但控制力比以前在某些方面强了很多。
以徐荣为部长，黄忠、程普、高顺、吕布、郭嘉为副部长。
其下各军改变甚大，首先是各军的称号不再以方位为号，也改变了原本人数不齐的状态，出少数几个外，各军合有三十万正规军，以及二十万后补士兵。后补士兵寻常时候一半时间训练，一半时间种地，为所有大军提供后勤保障。
白虎军，都督张飞，副都督轲比能、张绣、胡车儿，以徐庶为长史。
朱雀军，都督庞德，副都督颜良、高览、于禁，以马良为长史。看着后来的庞德坐上都督之位，颜良和高览虽然有些不服气，但也对庞德能力感到敬服，倒也相安无事。
玄武军，也即是水军，都督周瑜，副都督程咨、吕蒙、陆逊，无有长史，故周瑜权柄甚重，但水军因为编制问题，仅计有二十五万人。
周山军，也即是山地军，以褚燕为都督，臧霸、田续、徐盖为副都督，以辛毗为长史，又因其年事已高，不堪山林之苦，又增设副长史一职，以郝昭担之。因挑选培养不易，仅有十五万人，后补士兵更是只有三万左右。无论是总人数，还是后补士兵，仅比麒麟军稍多。
烈虎军，都督张辽。此前征战大月氏，公孙毅最后还是觉得张辽更为稳重，遂马超只能作为副都督。马超倒也没有什么怨言，也明白张辽武艺不比自己差，又深通兵法谋略，服之。另有张苞因擒拿波调有大功，得为副都督，黄杨因相助赵云镇守沙州多年，又有赵云推荐，亦任之。以阎圃为长史。
雪狼军，以张郃为都督，严颜、凌统，以及这几年华丽转身的吕离为副都督，向朗为长史。